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Journal papers

Selected publications

  • Sato, S., Nakamura, Y., Kaneko, T., Asamizu, E., Kato, T., Nakao, M., Sasamoto, S., Watanabe, A., Ono, A., Kawashima, K., Fujishiro, T., Katoh, M., Kohara, M., Kishida, Y., Minami, C., Nakayama, S., Nakazaki, N., Shimizu, Y., Shinpo, S.,Takahashi, C., Wada, T., Yamada, M., Ohmido, N., Hayashi, M., Fukui, K., Baba, T., Nakamichi, T., Mori, H. and Tabata, S, (2008). Genome Structure of the Legume, Lotus japonicus. DNA Res. 15, 227-239.
  • Shimoda, Y., Shinpo, S., Kohara, M., Nakamura, Y., Tabata, S. and Sato, S (2008). A Large Scale Analysis of Protein-Protein Interactions in the Nitrogen-fixing Bacterium Mesorhizobium loti. DNA Res. 15, 13-23.
  • Kaminuma, E., Masuya, H., Miura, I., Motegi, H., Takahashi, K. R., Nakazawa, M., Matsui, M., Gondo, Y., Noda, T., Shiroishi, T., Wakana, S. and Toyoda, T. (2008) Objective evaluation measures of genetic marker selection in large-scale SNP genotyping. J Bioinform Comput Biol. 6, 905-917.
  • Kaminuma, E., Yoshizumi, T., Wada, T., Matsui, M. and Toyoda, T. (2008). Quantitative analysis of heterogeneous spatial distribution of Arabidopsis leaf trichomes using micro X-ray computed tomography. The Plant Journal 56,470-482.
  • Kurihara, Y., Kaminuma, E., Matsui A., Kawashima, M., Tanaka M., Morosawa T., Ishida, J. Mochizuki, Y., Shinozaki, K., Toyoda, T., Seki, M. Transcriptome Analyses Revealed Diverse Expression Changes in ago1 and hyl1 Arabidopsis Mutants, Plant Cell Physiology, 50:1715-1720
  • Kurihara, Y., Matsui, A., Hanada, K., Kawashima, M., Ishida, J., Morosawa, T., Tanaka, M., Kaminuma, E., Mochizuki, Y., Matsushima, A., Toyoda, T., Shinozaki, K. and Seki, M. (2009) Genome-wide suppression of aberrant mRNA-like noncoding RNAs by NMD in Arabidopsis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106:2453-2458

Other publications

Recent Activities

  • Eli Kaminuma, Takako Mochizuki, Yuichi Kodama, Satoshi Saruhashi, Hideaki Sugawara, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, Yasukazu Nakamura
    ” DDBJ Read Annotation Pipeline: A web-based analytical tool for next-generation sequencing data ”
    18th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology(ISMB2010)
    Boston, MA, USA
    July 9–, 2010
  • 神沼英里1・望月孝子1・児玉悠一1・猿橋智1・菅原秀明1・大久保公策1,2・高木利久1,2・中村保一1（1.国立遺伝学研究所、2.ライフサイエンス統合データベースセンター）
    “ 次世代シーケンサのアーカイブDBとクラウド型解析パイプライン ”
    NIASシンポジウムイネ遺伝学・分子生物学ワークショップ2010プログラム
    つくば国際会議場
    July 2, 2010
  • 中村保一
    “ DDBJの紹介と配列データの検索 ”
    神沼英里
    “ 次世代シーケンサのクラウド型解析パイプライン ”
    児玉悠一
    ” 次世代シーケンサアーカイブDB ”
    望月孝子
    “ クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping ”
    小菅武英
    “ SAKURAを用いた塩基配列登録の方法・実習 ”
    中村保一
    “ 相同性検索と系統解析：BLASTとClustalW ”
    AJACS & 第22回DDBJing講習会 in 東京
    ライフサイエンス統合データベースセンター
    June 24, 2010
  • 児玉悠一
    “ DDBJ Read Archive (DRA) の紹介 ”
    第309回CBI学会研究講演会
    東京工業大学　蔵前会館　ロイヤルブルーホール
    June 21, 2010
  • Eli Kaminuma1, Takako Mochizuki1, Yuichi Kodama1, Satoshi Saruhashi1, Hideaki　Sugawara1, Kousaku Okubo1,2, Toshihisa Takagi1,2, Yasukazu Nakamura1　　　　　　” Plant SNP annotation using a web-based pipeline tool for next -generation　　　　sequencing data ”
    The 21th International Conference on Arabidopsis Research
    June 7-9, 2010
  • 神沼英里,望月孝子,児玉悠一,猿橋智,菅原秀明,高木利久,大久保公策,中村保一
    “ 次世代シークエンサの活用法 ”
    DBCLS講習会 AJACS18
    June 7-9, 2010
  • 猿橋智、児玉悠一、神沼英里、五條堀孝、高木利久、大久保公策、菅原秀明、中村保一
    “ DDBJ Read Archive ～次世代シークエンサからの出力データのためのアーカイブ
    ～ ”
    第5回 NIG内部交流会 DRAポスター発表
    May 26, 2010
  • Takako Mochizuki, Eli Kaminuma, Yuichi Kodama, Satoshi Saruhashi, Hideaki Sugawara, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, Yasukazu Nakamura
    “ DDBJ Read Annotation Pipeline 〜A Cloud computing based Analysis System
    for the Next Generation Sequencing Data〜 ”
    第5回 NIG内部交流会 DRAポスター発表
    May 26, 2010
  • Takehide Kosuge, Takako Mochizuki, Shigeki Watanabe, Jun Mashima, Eli Kaminuma, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, Yasukazu Nakamura
    “ 協調作業・共同研究コラボレーション・ツールとしてGoogle Appsの　DDBJにおける利用例 〜DDBJからNIG全体への利用をめざして〜 ”
    第5回 NIG内部交流会 DRAポスター発表
    May 26, 2010
  • 神沼英里,望月孝子,児玉悠一,猿橋智,菅原秀明,高木利久,大久保公策,中村保一
    ” 次世代シークエンサデータのアーカイブ登録と解析パイプライン ”
    第51回日本植物生理学会年会　 データベース講習会
    March 19, 2010
  • 児玉悠一
    ” 次世代シーケンサーデータのDRA(DDBJ Read Archive)への登録 ”
    次世代シーケンサー利用技術講習会
    February 18, 2010
  • 神沼英里,児玉悠一,大久保公策,高木利久,中村保一
    ” 次世代シークエンサーのハイスループット・データ解析システム「DDBJ Short Read Annotation Pipeline」の構築”
    第 32回日本分子生物学会年会
    December 9-12, 2009
  • 児玉悠一, 猿橋智, 五條堀孝, 舘野義男, 神沼英里, 中村保一, 菅原秀明
    “「DDBJ Read Archive」： 次世代シークエンサからの出力データのためのアーカイブ”
    第 32回日本分子生物学会年会
    December 9-12, 2009
  • 永田俊文,神沼英里, 大柳一,望月孝子,中村保一,会津智幸,藤山秋佐夫,豊田敦,倉田のり
    次世代高速シークエンサーを用いた近縁イネゲノム配列データの評価
    第32回日本分子生物学会年会
    December 9-12, 2009
  • Eli Kaminuma, Toshifumi Nagata, Hajime Ohyanagi, Takako Mochizuki, Yasukazu Nakamura, Tomoyuki Aizu, Asao Fujiyama,
    Atsushi Toyoda, Nori Kurata
    Evaluation and efficiency of rice genome sequence reads from closely related species using the Next Generation Sequencer
    The 6 th International Rice Genetics Symposium
    November 15–19, 2009
  • Hidemasa Bono, Eli Kaminuma, Yuichi Kodama, Yasukazu Nakamura, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi
    Systematic Organization of Gene Expression Data in Japan,
    12th International MGED Meeting
    October 5–8, 2009
  • 北田裕香，神沼英里，吉積毅，松井南, 豊田哲郎, 山本直樹
    “クリプトクロムの細胞内分布制御が子葉の発達に及ぼす影響”
    第73回日本植物学会大会
    September 18-20, 2009
  • 李慶範
    “遺伝子データバンクについて（DNA Data Bank of Japan, DDBJ）”
    Korean Bioinformation Center (KOBIC) セミナー
    August 19, 2009
  • 児玉悠一
    “DDBJ Read Archive”
    理化学研究所 横浜研究所 所内セミナー
    August 6, 2009
  • 神沼英里
    “Short Readデータ解析例の紹介”
    ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) セミナー
    August 4, 2009
  • 児玉悠一
    ”DDBJ Read Archive”
    第23回システムバイオロジー研究会
    June 26, 2009
  • 中村保一，神沼英里，高木利久，大久保公策,
    “DNA Data Bank of Japan (DDBJ) ”
    統合データベースプロジェクト シンポジウム 2009,
    June12, 2009.
  • Eli Kaminuma, Yasukazu Nakamura, Toshihisa Takagi,
    “Constructing a high-throughput annotation pipeline of next generation sequenceing reads”,
    遺伝学研究所内部交流セミナー the 4th NIG Poster Workshop,
    May 26, 2009.
  • 児玉悠一,　猿橋智, 五條堀孝, 舘野義男, 中村保一, 菅原秀明,
    “次世代シークエンサの出力データのためのアーカイブについて”,
    遺伝学研究所内部交流セミナー the 4th NIG Poster Workshop,
    May 26, 2009.
  • Jun Mashima, Takehide Kosuge, Toshihisa Okido, Yuichi Kodama, Kazuho Ikeo, Hideaki Sugawara, Yoshio Tateno, Takeshi Gojobori,
    “DDBJ Activities: Contribution to the Research in Information Biology”,
    The 3rd International Biocuration Conference,
    April 16-19, 2009.

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